Siirry pääsisältöön
MyCourses MyCourses
  • Koulut
    Insinööritieteiden korkeakoulu (ENG) Kauppakorkeakoulu (BIZ) Kemian tekniikan korkeakoulu (CHEM) – Oppaita opiskelijalle (CHEM) – Raportinkirjoitusohje (CHEM) Perustieteiden korkeakoulu (SCI) Sähkötekniikan korkeakoulu (ELEC) Taiteiden ja suunnittelun korkeakoulu (ARTS) Kielikeskus Avoin yliopisto Kirjasto Aalto-yliopiston pedagoginen koulutus UNI (tentit) Sandbox
  • Palvelulinkit
    MyCourses - MyCourses ohjeita opettajille - MyCourses ohjeita opiskelijoille - Varaa online aika digitaalisen opetuksen asiantuntijalta (opetttajille) - Opetuksen digitaaliset työvälineet - Opetuksen tietosuojaa opettajille - Työtila opinnäyteohjaukseen Sisu Opiskelijan opas Courses.aalto.fi Kirjasto- ja tietopalvelut - Tiedonhakijan oppaat - Imagoa / Avoin tiede ja kuvien käyttö Tietotekniikkapalvelut Kampuskartat - Etsi tiloja ja tarkista rakennusten aukioloajat Ruokalistat.net AYY Aalto-yliopiston ylioppilaskunta Aallon yhteisötori
  • ALLWELL?
    Opiskelutaidot Opiskelijan ohjaus ja tuki Starting Point of Wellbeing AllWell?-opiskeluhyvinvointikyselystä
  •   ‎(fi)‎
      ‎(en)‎   ‎(fi)‎   ‎(sv)‎
  • Toggle Search menu
  • Käytät vierailijatunnusta (Kirjaudu)

close

Ei kurssi löydy?
kokeile myös:

  • Sisu
  • Courses.aalto.fi

CS-E5875 - High-Throughput Bioinformatics, 29.10.2019-16.12.2019

Kurssiasetusten perusteella kurssi on päättynyt 16.12.2019 Etsi kursseja: CS-E5875

  1. Etusivu
  2. Kurssit
  3. perustieteide...
  4. tietotekniika...
  5. cs-e5875 - hi...
 
Kurssiesite
 

Yleinen

  • Yleinen

    Yleinen


    General info for October 2019

    Lectures: 

    • On Tuesdays 12:15-14:00 in T3, and 
    • On Fridays 12:15-14:00 in A136 
    • First lecture: October 29, 2019, starting at 12:15.

    Exercises: 

    • On Fridays 14:15-16:00 in A046, Otakaari 1
    • First exercise: November 1, 2019
    • Week 49: the exercise is on Thursday 5.12. 12.15-14.00 at U257 ELISA

    Teachers:

    • Harri Lähdesmäki, email: harri.lahdesmaki@aalto.fi, office: B358
    • Viivi Halla-aho, email: viivi.halla-aho@aalto.fi, office: A348
    • Juhi Somani, email: juhi.somani@aalto.fi, office:
    • Maria Osmala, email: maria.osmala@aalto.fi, office: A357

    Learning outcome:

    The course provides you with basic understanding of high-throughput data and computational methods that are commonly used for analysing the data in biological and biomedical problems. After the course you have skills to apply various computational methods in real biological problems and study the field further.

    Notes:

    The course is also accepted as a postgraduate course

    Preliminary syllabus:

    • Introduction, recap on hypothesis testing and multiple testing
    • High-throughput sequencing technology
    • Short sequencing read alignment
    • Genotype calling and de novo assembly 
    • Gene expression analysis using RNA-sequencing
    • Chromatin immunoprecipitation sequencing: protein-DNA interactions
    • Epigenetic data analysis: histone modifications, chromatin accessibility, DNA methylation
    • Single-cell genomics
    • Metagenomics
    • Enrichment analysis

    Prerequisites: 

    • Basic knowledge of probability, statistics and applied math
    • Basic programming skills

    Requirements:

    • Exercises: Participation in the exercise sessions is recommended (but not mandatory) but you need to submit written reports (minimum of 5 points)
    • One assignment project. 
    • Final examination. 

    Grading:

    • Exercises: 3 * 5 points, 15 points in total
    • Assignment project: 15 points
    • Exam: 30 points
    • Total: max. 60 points
    • Approx. 30 points required to pass the course
    • Approx. 50 points will give you the maximum grade 5/5

    List of materials:

    • Lecture notes
    • Material will be supplemented by scientific (review) articles


    • icon for activity
      KeskustelualueAnnouncements Keskustelualue
    • icon for activity
      KeskustelualueYleinen keskustelu Keskustelualue

Kurssin etusivu

Kurssin etusivu

Seuraava osio

Materiaalit►
Ohita
Tulevat tapahtumat
Ladataan
koko sivustolle MyCourses maintenance, service out of use
maanantai, 12. kesäkuuta, 10:00 » 17:00

Siirry kalenteriin...
  • CS-E5875 - High-Throughput Bioinformatics, 29.10.2019-16.12.2019
  • Osiot
  • Yleinen
  • Materiaalit
  • Tehtävät
  • Aaltolaisille
  • Etusivu
  • Kalenteri
  • Learner Metrics

Aalto logo

Tuki / Support
Opiskelijoille / Students
  • MyCourses instructions for students
  • email: mycourses(at)aalto.fi
Opettajille / Teachers
  • MyCourses help
  • MyTeaching Support form
Palvelusta
  • MyCourses rekisteriseloste
  • Tietosuojailmoitus
  • Palvelukuvaus
  • Saavutettavuusseloste
About service
  • MyCourses protection of privacy
  • Privacy notice
  • Service description
  • Accessibility summary
Service
  • MyCourses registerbeskrivining
  • Dataskyddsmeddelande
  • Beskrivining av tjänsten
  • Sammanfattning av tillgängligheten

Käytät vierailijatunnusta (Kirjaudu)
  • Koulut
    • Insinööritieteiden korkeakoulu (ENG)
    • Kauppakorkeakoulu (BIZ)
    • Kemian tekniikan korkeakoulu (CHEM)
    • – Oppaita opiskelijalle (CHEM)
    • – Raportinkirjoitusohje (CHEM)
    • Perustieteiden korkeakoulu (SCI)
    • Sähkötekniikan korkeakoulu (ELEC)
    • Taiteiden ja suunnittelun korkeakoulu (ARTS)
    • Kielikeskus
    • Avoin yliopisto
    • Kirjasto
    • Aalto-yliopiston pedagoginen koulutus
    • UNI (tentit)
    • Sandbox
  • Palvelulinkit
    • MyCourses
    • - MyCourses ohjeita opettajille
    • - MyCourses ohjeita opiskelijoille
    • - Varaa online aika digitaalisen opetuksen asiantuntijalta (opetttajille)
    • - Opetuksen digitaaliset työvälineet
    • - Opetuksen tietosuojaa opettajille
    • - Työtila opinnäyteohjaukseen
    • Sisu
    • Opiskelijan opas
    • Courses.aalto.fi
    • Kirjasto- ja tietopalvelut
    • - Tiedonhakijan oppaat
    • - Imagoa / Avoin tiede ja kuvien käyttö
    • Tietotekniikkapalvelut
    • Kampuskartat
    • - Etsi tiloja ja tarkista rakennusten aukioloajat
    • Ruokalistat.net
    • AYY Aalto-yliopiston ylioppilaskunta
    • Aallon yhteisötori
  • ALLWELL?
    • Opiskelutaidot
    • Opiskelijan ohjaus ja tuki
    • Starting Point of Wellbeing
    • AllWell?-opiskeluhyvinvointikyselystä
  •   ‎(fi)‎
    •   ‎(en)‎
    •   ‎(fi)‎
    •   ‎(sv)‎